Basjkirhästen är känd som en av få raser som många hästallergiker kan tåla att umgås med. Det har gjorts forskningsarbeten för att finna orsaken till detta fenomen, men inga resultat visar på något unikt hos rasen.
 
En av orsakerna till allergivänligheten hos just basjkirhästen, tros dock kunna vara att pälsen är lite fetare än hos andra hästar. De flesta allergiker reagerar på stövet, de döda hudcellerna i pälsen, och proteinet i det. Fettet i basjkirhästens päls gör att stövet binds kvar i hårremmen och släpps inte i några större mängder ut i luften.
 
Den feta pälsen hos basjkirhästen är ett naturligt framavlat skydd i de klimatförhållandena som rasen har utvecklats i.
 
Eftersom det inte finns några vetenskapliga bevis för rasens allergivänlighet, finns det förstås skepsis kring denna. Erfarenheterna med basjkirhästar och allergiker visar dock att många faktiskt kan umgås besvärsfritt med denna häst.

För de som är allergiska och därför tidigare inte kunnat rida eller umgås med hästar, spelar förstås inte forskningsresultat någon roll, då de äntligen kan ägna sig åt sitt hästintresse.

Det ska dock observeras att rasen absolut inte kan kallas allergifri. Den som är allergisk mot hästar och som vill prova att träffa en basjkirhäst, ska alltid vara försiktig och ha med sig allergimediciner.